2259年初，約翰·謝里丹上尉接替辛克萊擔(dān)任空間站的軍事長官。他和指揮人員得知，圣地亞哥總統(tǒng)之死實際上是由副總統(tǒng)克拉克（圣地亞哥死后繼任總統(tǒng)）策劃的暗殺。巴比倫五號指揮人員與靈能軍團之間爆發(fā)了沖突。靈能軍團是一個日益專制的組織，負責(zé)監(jiān)督和控制人類心靈感應(yīng)者的生活。空間站的副指揮官伊萬諾娃指揮官其實是一名潛在的心靈感應(yīng)者，但她一直非法逃避在靈能軍團的登記。