四個情同手足的烏龜少年一直生活在隱秘的下水道中，在師父（成龍配音）的訓練下，他們成為了功夫高超的“忍者神龜”，渴望被人類接納的四小只，在人類朋友艾普的幫助下，開始追蹤一個神秘的犯罪集團，但隨著一支強大變種生物軍隊的降臨，同樣屬于變種生物的忍者神龜們知道，這下大麻煩來了……